Durch die enge Bindung an die Hochschule für Musik und die Allgemeine Musikschule finden Studierende, Dozierende und Interessierte in der Bibliothek der Musik Akademie den umfangreichsten Musikalien-Bestand der Schweiz. Der Schwerpunkt Notenmaterialien und eine kleine Tonträgersammlung werden durch reichhaltige Bestände an Musikliteratur auch zu «Alter Musik» ergänzt. Die Bibliothek der Musik Akademie ist vollständig im OPAC der Universitätsbibliothek erschlossen.

Ausserdem verfügt die Schola Cantorum Basiliensis über eine Handbibliothek zur älteren Musikgeschichte und zu Fragen der Praxis auf historischen Instrumenten sowie einem Mikrofilm-Archiv zu den handschriftlichen gedruckten Quellen der älteren Musikgeschichte.