Der Themenbereich Bildungsorganisation nimmt das Bildungswesen als komplexe  gesellschaftliche Einrichtung in den Fokus. Die Mitarbeitenden dieses Bereichs untersuchen:

• die Herausbildung, Ausdifferenzierung, Vernetzung und Funktionsweise der unterschiedlichen Teile des schweizerischen Bildungssystems;
• die politischen Prozesse, in denen Strukturen des Bildungssystems festgelegt, öffentliche Bildungsressourcen verteilt und handlungsleitende Schulorganisationsnormen generiert werden;
• die Konkretisierung der Bildungaufgaben und die Steuerung der Bildungsinstitutionen und deren Angebote durch die Verwaltung;
• die Einstellungen, Denkweisen und Handlungsmuster der Akteure im Bildungswesen;
• den Umgang mit Restriktionen und die Bewältigung von Spannungen und Konflikten, die sich aus institutionellen und sozialstrukturellen Rahmenbedingungen des Bildungsmanagements ergeben;
• die Wirksamkeit von Qualifizierungs- und Professionalisierungsmassnahmen;
• das Gelingen und Scheitern von Reformprozessen;
• das schweizerische Bildungswesen im internationalen Vergleich.