Innerhalb des Teams der Naturwissenschaftsdidaktik bestehen vielfältige Kooperationen. Eine enge Zusammenarbeit auf dem Platz Basel besteht mit dem Biozentrum, Schülerlabor, Bio Valley - College Netzwerk sowie den dort ansässigen Institutionen und Pärken, wie dem Zoologischen Garten, dem Naturhistorischen Museum, Botanischen Garten und Merian Park. Im Kanton Aargau bestehen Zusammenarbeiten mit dem Paul Scherrer Institut in Villigen, mit der Fachhochschule Technik FHNW in Brugg, dem Bildungszentrum Herzberg und dem Naturama sowie dem Team des Projekts "explore-it".

Gesamtschweizerisch bestehen Kooperationen zu anderen Universitäten (Universität Bern, anderen PH's (phz, phzh, phvs, phbe).

Durch die Mitarbeit in der Begleitgruppe Harmos sind auch Kontakte in die Suisse Romande (hep Lausanne, hep bejune) vorhanden.

Die Mitarbeit in der Redaktionskommission der "Beiträge zur Lehrerinnen- und Lehrerbildung" ermöglicht vielfältige Kontakte auch zur Universität Zürich (Prof. Dr. K. Reusser) und der Schweizerischen Gesellschaft für Lehrerbildung.