Agnese Pavanello studierte an den Universitäten von Pavia, Regensburg, Freiburg im Br. und Basel Musikwissenschaften sowie auch an der Universität Fribourg, wo sie in Musikwissenschaft promovierte.
Nach Anstellungen als Assistentin in Musikwissenschaft an den Universitäten Salzburg und Wien (Universität für Musik und Darstellende Kunst) und diversen Publikationen: Artikel, Editionen von Instrumentalmusik (Corelli, Tartini, Locatelli, Bonporti) und ein Buch über Römische ‘concerti grossi’, war sie Editionsmitglied für die Gaspar van Weerbeke Edition und für die Edition von Gaspar van Weerbeke’s Messen und Motetten verantwortlich.
Seit 2012 arbeitet sie in der Foschungsabteilung der Schola Cantorum Basiliensis in Basel (Musik-Akademie Basel / Fachhochschule Nordwestschweiz) mit unterschiedlichen Arbeitsfeldern sowohl in der Forschung als auch in der Lehre.
In dieser Zeit leitete sie auch zwei grosse Projekte: SNF-Forschungsprojekt „Polifonia Sforzesca“ und die „Motet Cycles Database“. Ab April 2025 ist sie am WEAVE-Projekt zu Tartinis School of Nations beteiligt.