Katharina Arfken stammt aus Norddeutschland. Nach einer langjährigen Tätigkeit als Instrumentenbauerin studierte sie Barockoboe und klassische Oboe an der Schola Cantorum Basiliensis bei Michel Piguet und am Königlichen Konservatorium in Den Haag bei Ku Ebbinge. Ein weiterer Schwerpunkt ihrer musikalischen Aktivitäten ist das Spiel auf vorbarocken Doppelrohrblattinstrumenten (Schalmei, Pommer). Mittlerweile ist Katharina Arfken eine der bekanntesten Spielerinnen historischer Oboen und Solooboistin beim Freiburger Barockorchester und dem Brandenburg Consort, London. Ausserdem geht sie einer internationalen Konzerttätigkeit mit weiteren Ensembles nach, darunter Concerto Köln, Akademie für Alte Musik Berlin oder The English Baroque Soloists unter John Eliot Gardiner. Von den zahlreichen CD-Produktionen, an denen sie mitgewirkt hat, sei ihre Einspielung von Franz Xaver Richters Oboenkonzert mit dem Ensemble Alta Ripa hervorgehoben sowie Bläser-Triosonaten von Johann Friedrich Fasch in der Documenta-Serie der SCB bei harmonia mundi France. Katharina Arfken führt seit 1997 in Nachfolge ihres Lehrers Michel Piguet die Oboenklasse an der Schola Cantorum Basiliensis und gibt Meisterkurse in verschiedenen Ländern.
Per Sommer 2025 wird Katharina Arfken an der Schola Cantorum Basiliensis als Professorin für Oboe emeritiert. Ihr Nachfolger ist Antoine Torunczyk.