Philipp Wagner wurde in Hallein, Österreich geboren. Er studierte Blockflöte und Barockoboe bei Dorothee Oberlinger (Mozarteum Salzburg), Alfredo Bernardini (Conservatorium van Amsterdam), Carin van Heerden (Bruckneruniversität Linz) und Katharina Arfken (Schola Cantorum Basiliensis).
Seit 2007 ist er Oboist und Blockflötist im L´Orfeo Barockorchester (Leitung Michi Gaigg). Im Mittelpunkt der künstlerischen Arbeit der letzten Jahre stand die Gesamtaufnahme der Bläserquintette von Georg Philipp Telemann (L´Orfeo Bläserensemble, Carin van Heerden, cpo).
Als Orchestermusiker und Mitglied verschiedener Kammermusik-Formationen trat er bei Festivals in ganz Europa, sowie in Südafrika, USA, Korea und Australien auf. Er wurde beim internationalen Ensemble-Wettbewerb Göttinger Reihe (2013) und beim Wettbewerb La Stravaganza in Cluj-Napoca (2013) mit dem 1. Preis ausgezeichnet.
Philipp Wagner spielt ausserdem regelmässig im Ensemble der Bachstiftung St. Gallen (Leitung Rudolf Lutz), im Capriccio Barockorchester Basel und im Zürcher Barockorchester. Seit seinem Stellenantritt als Lehrer für Blockflöte an der Musikschule Konservatorium Zürich ist die musikpädagogische Arbeit ein wichtiger Teil seiner beruflichen Tätigkeit. Seit 2022 ist er Lehrer für Barockoboe an der Musikschule der Schola Cantorum Basiliensis und unterrichtet per HS 23-24 Fachdidaktik Oboe für Pädagogikstudierende der SCB.