Thomas Leininger studierte Cembalo, Orgel, Generalbass und historische Improvisation an der Schola Cantorum Basiliensis. Dem 2005 im Rahmen der Händelfestspiele vom Staatstheater Karlsruhe erteilten Auftrag zur Ergänzung unvollständig überlieferter Orchestersätze und Arien der Oper "Almira" von G.F. Händel folgten 2006-2009 Aufträge des Festivals "Winter in Schwetzingen" zur Rekonstruktion und Neukomposition verlorener Teile von Antonio Vivaldis Opern "Il Motezuma" und "Il Bajazet". 2012 erlebte die Kinderoper "Dino und die Arche" am Staatstheater Karlsruhe ihre Uraufführung. Das Schaffen für die Bühne wird begleitet von zahlreichen Kompositionsaufträgen kirchlicher Institutionen.
Thomas Leininger verfolgt eine internationale Konzerttätigkeit als Spezialist für historische Aufführungspraxis. In diversen Kammermusikbesetzungen ist er ebenso zu hören wie als Cembalist der Johann Sebastian Bach-Stiftung St. Gallen. Diverse CD-Einspielungen, Unterricht und schriftliche Publikationen ergänzen seine Arbeit. Seit 2016 unterrichtet Thomas Leininger an der Schola Cantorum Basiliensis Aufführungspraxis und historischen Generalbass.