NummerZ004LeitungGeorg Lipps, georg.lipps@fhnw.chECTS3.0UnterrichtsspracheDeutschLernziele/KompetenzenStudierende…
- verstehen die theoretischen Grundlagen von Sequenzvergleiche und Stammbäumen (2 verstehen)
- kennen die wichtigsten biologischen Datenbanken und wissen, welche Daten in welcher Datenbank zu finden sind (2 verstehen)
- verstehen die Klassifizierung von Proteinen (konservierten Domänen und Proteinfamilien) (2 verstehen)
- verstehen die Verfahren zur Proteinstrukturvisualisierung und zum Proteinstrukturvergleich ((2 verstehen)
- verstehen das Verfahren des Clustering von Expressionsdaten und die weiteren Methoden der funktionellen Genomik (2 verstehen)
Inhalt- Sequenzvergleich, Dotplots, Sequenzalignments, Substitutionsmatrix BLOSUM
- Sequenzdatenbanken: Nucleotide, Gene, Genomebrowser, Protein, Swissprot, Nextprot
- Mutationen, Evolution, Datenbank SNP
- Stammbäume und Phylogenie
- Nukleinsäuremotife, Proteinmotife, Logos, Informationsgehalt und Entropie
- Markovketten und HMM
- konservierte Dömänen, PSSM, Proteinfamilien, Profile-HMM
- Enyzme, Stoffwechsel; Datenbanken: KEGG, Brenda, PubChem
- Proteinstrukturen, strukturbasierte Sequenzalignments, Strukturvorhersage
- Expression, hierarchisches Clustern
- Funktionelle Genomik (Gennachbarschaft, Koexistenz, Koexpression); STRING: Proteininteraktionsnetzwerke
Erforderliche VorkenntnisseMolekularbiologie
Studierende…
- kennen die strukturellen Eigenschaften der DNA/RNA und können die entsprechenden Strukturformeln aufzeichnen (2 verstehen)
- verstehen die molekularen Grundlagen der DNA-Replikation, Transkription und Translation (2 verstehen)
Biochemie
Studierende…
- verstehen den Aufbau und die Funktion von Proteinen sowie den Reaktionsmechanismus von Enzymen (2 verstehen)
Bibliographie/LiteraturKursmaterial
VorlesungsfolienLehr- und Lernmethoden- Vorlesung
- Besuch des begleitenden Praktikums Bioinformatik empfehlenswert (alle Studienrichtungen)
- Besuch des begleitenden Praktikums BioPython empfehlenswert (Studienrichtung Medizinische Informatik und Querschnittskompetenz Digitalisierung)
Leistungsbewertunggemäss Modulverzeichnis in der aktuellen StuPOAnschlussmodule/-kurseHumangenetik
Synthetische BiologieBemerkungen2 x 2 Lektionen / Woche
KW 38 bis 47 (10 Wochen im Herbst-Semester) 
