- Nummer
- Z016
- Leitung
- Abdullah Kahraman, abdullah.kahraman@fhnw.ch
- ECTS
- 3.0
- Unterrichtssprache
- Deutsch
- Lernziele/Kompetenzen
- Studierende…
- können Literatur recherchieren und organisieren und kennen die wichtigsten biologischen Datenbanken (3 anwenden)
- können Sequenzvergleiche durchführen und Stammbäume erstellen (3 anwenden)
- können Proteinen klassifizieren (konservierten Domänen und Proteinfamilien) (3 anwenden)
- können Proteinstrukturen visualisieren und strukturbasierte Sequenzalignments erstellen (3 anwenden)
- können mit Genomebrowsern arbeiten (3 anwenden)
- Inhalt
- Literaturdatenbank Pubmed, Kurzeinführung Literaturverwaltungsprogramm Zotero
- Datenbanksystem NCBI-Entrez
- Datenbankformate von Sequenzdaten
- Einführung einer Punktmutation: SNP der Sichelzellanämie
- Genomebrowser: humanes TNF Gen
- Manuelles binäres Alignment mittels Dynamic Programming
- Multiples Sequenzalignment von Insulin
- manuelle Erstellung von Stammbäumen
- Berechnung eines HIV-Stammbaumes
- Berechnung eines rRNA-Stammbaumes
- Durchführung von BLAST Recherchen
- Durchführung der Sequenzannotation einer Plasmidsequenz
- Manuelle Erstellung eines Logos
- Auswahl von Primern für die Amplifikation eines Genes und eines Transkriptes
- Proteinstrukturdatenbanken, Proteinvisualisierung mit Chimera
- Erstellung eines strukturbasierten Sequenzalignments
- Enzymdatenbanken, PubChem
- Erforderliche Vorkenntnisse
- Molekularbiologie Studierende…
- verstehen die molekularen Grundlagen der DNA-Replikation, Transkription und Translation
- kennen die strukturellen Eigenschaften der DNA/RNA
- Biochemie
- verstehen den Aufbau und die Funktion von Proteinen
- Lehr- und Lernmethoden
- Kurzeinführung zu den Übungen
- Coaching Bioinformatik bei der Bearbeitung der Aufgabenstellungen
- Leistungsbewertung
- gemäss Modulverzeichnis in der aktuellen StuPO
- Anschlussmodule/-kurse
- Humangenetik
- Synthetische Biologie
- Bemerkungen
- 1 x 4 Lektionen / Woche KW 38 bis 47 (10 Wochen im Herbst-Semester)