Praktikum Bioinformatik

    Nummer
    2-L-B-LS-BZ016.EN/19
    ECTS
    3.0
    Zeit Selbststudium
    50.0
    Zeit Total
    90.0
    Unterrichtssprache
    Deutsch
    Kategorie-Codes
    Modul
    Anmeldestatus Info
    m.Aktiv
    Lernziele/Kompetenzen
    Studierende…
    • können Literatur recherchieren und organisieren und kennen die wichtigsten biologischen Datenbanken (3 anwenden)
    • können Sequenzvergleiche durchführen und Stammbäume erstellen (3 anwenden)
    • können Proteinen klassifizieren (konservierten Domänen und Proteinfamilien) (3 anwenden)
    • können Proteinstrukturen visualisieren und strukturbasierte Sequenzalignments erstellen (3 anwenden)
    • können mit Genomebrowsern arbeiten (3 anwenden)
    Inhalt
  • Literaturdatenbank Pubmed, Kurzeinführung Literaturverwaltungsprogramm Zotero
  • Datenbanksystem NCBI-Entrez
  • Datenbankformate von Sequenzdaten
  • Einführung einer Punktmutation: SNP der Sichelzellanämie
  • Genomebrowser: humanes TNF Gen
  • Manuelles binäres Alignment mittels Dynamic Programming
  • Multiples Sequenzalignment von Insulin
  • manuelle Erstellung von Stammbäumen
  • Berechnung eines HIV-Stammbaumes
  • Berechnung eines rRNA-Stammbaumes
  • Durchführung von BLAST Recherchen
  • Durchführung der Sequenzannotation einer Plasmidsequenz
  • Manuelle Erstellung eines Logos
  • Auswahl von Primern für die Amplifikation eines Genes und eines Transkriptes
  • Proteinstrukturdatenbanken, Proteinvisualisierung mit Chimera
  • Erstellung eines strukturbasierten Sequenzalignments
  • Enzymdatenbanken, PubChem
  • Erforderliche Vorkenntnisse
    Molekularbiologie Studierende…
    • verstehen die molekularen Grundlagen der DNA-Replikation, Transkription und Translation
    • kennen die strukturellen Eigenschaften der DNA/RNA
    • Biochemie
    • verstehen den Aufbau und die Funktion von Proteinen
    Lehr- und Lernmethoden
    • Kurzeinführung zu den Übungen
    • Coaching Bioinformatik bei der Bearbeitung der Aufgabenstellungen
    Leistungsbewertung
    gemäss Modulverzeichnis in der aktuellen StuPO
    Anschlussmodule/-kurse
    • Humangenetik
    • Synthetische Biologie
    Bemerkungen
    1 x 4 Lektionen / Woche KW 38 bis 47 (10 Wochen im Herbst-Semester)