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      Praktikum Bioinformatik

      Nummer
      2-L-B-LS-BZ016.EN/19
      ECTS
      3.0
      Zeit Selbststudium
      50.0
      Zeit Total
      90.0
      Unterrichtssprache
      Deutsch
      Kategorie-Codes
      Modul
      Anmeldestatus Info
      m.Aktiv
      Lernziele/Kompetenzen
      Studierende…
      • können Literatur recherchieren und organisieren und kennen die wichtigsten biologischen Datenbanken (3 anwenden)
      • können Sequenzvergleiche durchführen und Stammbäume erstellen (3 anwenden)
      • können Proteinen klassifizieren (konservierten Domänen und Proteinfamilien) (3 anwenden)
      • können Proteinstrukturen visualisieren und strukturbasierte Sequenzalignments erstellen (3 anwenden)
      • können mit Genomebrowsern arbeiten (3 anwenden)
      Inhalt
    • Literaturdatenbank Pubmed, Kurzeinführung Literaturverwaltungsprogramm Zotero
    • Datenbanksystem NCBI-Entrez
    • Datenbankformate von Sequenzdaten
    • Einführung einer Punktmutation: SNP der Sichelzellanämie
    • Genomebrowser: humanes TNF Gen
    • Manuelles binäres Alignment mittels Dynamic Programming
    • Multiples Sequenzalignment von Insulin
    • manuelle Erstellung von Stammbäumen
    • Berechnung eines HIV-Stammbaumes
    • Berechnung eines rRNA-Stammbaumes
    • Durchführung von BLAST Recherchen
    • Durchführung der Sequenzannotation einer Plasmidsequenz
    • Manuelle Erstellung eines Logos
    • Auswahl von Primern für die Amplifikation eines Genes und eines Transkriptes
    • Proteinstrukturdatenbanken, Proteinvisualisierung mit Chimera
    • Erstellung eines strukturbasierten Sequenzalignments
    • Enzymdatenbanken, PubChem
      • Erforderliche Vorkenntnisse
      Molekularbiologie Studierende…
      • verstehen die molekularen Grundlagen der DNA-Replikation, Transkription und Translation
      • kennen die strukturellen Eigenschaften der DNA/RNA
      • Biochemie
      • verstehen den Aufbau und die Funktion von Proteinen
      Lehr- und Lernmethoden
      • Kurzeinführung zu den Übungen
      • Coaching Bioinformatik bei der Bearbeitung der Aufgabenstellungen
      Leistungsbewertung
      gemäss Modulverzeichnis in der aktuellen StuPO
      Anschlussmodule/-kurse
      • Humangenetik
      • Synthetische Biologie
      Bemerkungen
      1 x 4 Lektionen / Woche KW 38 bis 47 (10 Wochen im Herbst-Semester)