Praktikum Bioinformatik

Nummer

Z016

Leitung

Abdullah Kahraman, abdullah.kahraman@fhnw.ch

ECTS

3.0

Unterrichtssprache

Deutsch

Lernziele/Kompetenzen

Studierende…

können Literatur recherchieren und organisieren und kennen die wichtigsten biologischen Datenbanken (3 anwenden)
können Sequenzvergleiche durchführen und Stammbäume erstellen (3 anwenden)
können Proteinen klassifizieren (konservierten Domänen und Proteinfamilien) (3 anwenden)
können Proteinstrukturen visualisieren und strukturbasierte Sequenzalignments erstellen (3 anwenden)
können mit Genomebrowsern arbeiten (3 anwenden)

Inhalt

Literaturdatenbank Pubmed, Kurzeinführung Literaturverwaltungsprogramm Zotero

Datenbanksystem NCBI-Entrez

Datenbankformate von Sequenzdaten

Einführung einer Punktmutation: SNP der Sichelzellanämie

Genomebrowser: humanes TNF Gen

Manuelles binäres Alignment mittels Dynamic Programming

Multiples Sequenzalignment von Insulin

manuelle Erstellung von Stammbäumen

Berechnung eines HIV-Stammbaumes

Berechnung eines rRNA-Stammbaumes

Durchführung von BLAST Recherchen

Durchführung der Sequenzannotation einer Plasmidsequenz

Manuelle Erstellung eines Logos

Auswahl von Primern für die Amplifikation eines Genes und eines Transkriptes

Proteinstrukturdatenbanken, Proteinvisualisierung mit Chimera

Erstellung eines strukturbasierten Sequenzalignments

Enzymdatenbanken, PubChem

Erforderliche Vorkenntnisse

Molekularbiologie Studierende…

verstehen die molekularen Grundlagen der DNA-Replikation, Transkription und Translation
kennen die strukturellen Eigenschaften der DNA/RNA
Biochemie
verstehen den Aufbau und die Funktion von Proteinen

Lehr- und Lernmethoden

Leistungsbewertung

gemäss Modulverzeichnis in der aktuellen StuPO

Anschlussmodule/-kurse

Bemerkungen

1 x 4 Lektionen / Woche KW 38 bis 47 (10 Wochen im Herbst-Semester)