Florian Vogt studierte Musiktheorie, Schulmusik, Theorie der Alten Musik und Mathematik in Freiburg i. Brsg., Rochester (NY) und Basel. An der Universität Freiburg wurde er mit einer Dissertation über die Musiktheorie Gottfried Heinrich Stölzels promoviert.
Nach verschiedenen Lehraufträgen für Musiktheorie, Schulpraktisches Klavierspiel und Opernkorrepetition an den Musikhochschulen in Freiburg und Trossingen war er von 2010 bis 2017 Dozent für Musiktheorie und Gehörbildung an der Hochschule für Musik Freiburg. Zudem war er von 2006 bis 2012 wissenschaftlicher Mitarbeiter am Musikwissenschaftlichen Seminar der Universität Freiburg. Seit 2017 lehrt er als Professor für Historische Satzlehre / Theorie der Alten Musik an der Schola Cantorum Basiliensis (FHNW).
Seine Forschungsschwerpunkte liegen in der Analyse, der Theorie und Praxis des improvisierten Kontrapunkts sowie in der Geschichte der Musiktheorie. Darüber hinaus ist er als Pianist und Basso-Continuo-Spieler tätig.