Nach dem Studium am Conservatoire National Supérieur de Musique in Lyon, an dem er seit 1992 historische Trompeten unterrichtet, verbrachte er einige Jahre als Orchestermusiker sowie als Trompetenlehrer (moderne Ventiltrompete) an französischen Konservatorien. Im Jahre 2001 wurde er zum Nachfolger von Edward H. Tarr, dem Pionier der Naturtrompete, an der Schola Cantorum Basiliensis ernannt und unterrichtet auch Fachdidaktik. Seit 2011 ist er zudem Lehrer am Conservatoire National Supérieur de Musique in Paris.
Madeuf ist seit vielen Jahren in zahlreichen französischen, europäischen oder aussereuropäischen Barockensembles tätig wie Les Arts Florissants, Le Concert Spirituel, Les Talents Lyriques, La Petite Bande oder dem Bach Collegium Japan. Er ist im Konzert oder auf CD-Aufnahmen zu hören und ist einstweilen noch einer der seltenen Musiker, die die Naturtrompete und das Naturhorn auf historisch informierte ursprüngliche Weise spielen, ohne die für Kompromissinstrumente erst seit fünfzig Jahren erfundenen und heutzutage meist verwendeten Korrekturlöcher.
Sein Unterricht ist etwas Einzigartiges, da er auf der Beherrschung des Naturinstruments basiert, (ohne jedoch Kompromissinstrumente auszuschliessen) und es ermöglicht, bei den Studierenden eine solide, im Berufsleben so wichtige instrumentale Technik aufzubauen. Die Studierenden sollen auch ihre Kenntnisse der historischen Quellen auf die logischste und überzeugendste Art zugunsten eines lebendigen und reichen „discours musical“ verwenden.
Das entsprechende Repertoire reicht vom Ende des 16. bis in den Anfang des 20. Jahrhunderts hinein, ob man jetzt das Instrument in seiner historischen Form oder mit modernen Kompromissvorrichtungen oder auch Instrumente mit Zügen oder Klappen benutzt. In manchen Fällen und für einige spezifische Diplome kann es sich auch ausschliesslich auf das Repertoire des 19. Jahrhunderts beziehen, mit Instrumenten wie dem Klappenflügelhorn oder dem Kornett (Piston).
Jean-François Madeuf wurde 2009 der Christopher Monk Award verliehen durch die Historic Brass Society für "seinen wichtigen Beitrag als Interpret und Lehrer zur historisch informierten Interpretation“ . Er stellt z. Zeit weitere Recherchen an im Rahmen einer Doktorarbeit am Koninklijk Conservatorium Brussel und an der Vrije Universiteit Brussel. Im Jahr 2021 war er Preisträger der Hibou-Siftung (Thalwil, Schweiz).