Petr Skalka wuchs in einer Musikerfamilie in Marienbad (Tschechische Republik) auf. Seine erste Begegnung mit Musik hatte er dank seines Vaters, der selbst Musiker und Cellist war. Nach seinem Studium am Konservatorium in Pilsen führte ihn sein Interesse an Alter Musik und historischer Aufführungspraxis an die Schola Cantorum Basiliensis zu dem angesehenen Cellisten Christoph Coin, dessen musikalische Ansätze ihn entscheidend geprägt haben. 2001-2023 hat er als Assistenz von Christoph Coin an der Schola Cantorum in Basel unterrichtet. Ausserdem hatte er von 2011-2015 einen Lehrauftrag an der Hochschule für Musik Nürnberg.
Petr Skalka ist Gründungsmitglied des Ensembles Café Zimmermann, benannt nach dem Leipziger Kaffeehaus Zimmermann, in dem Johann Sebastian Bach und andere berühmte Musiker ihre Werke aufführten. Er tritt regelmässig mit renommierten Kammermusikensembles in ganz Europa auf (u.a. Café Zimmermann, La Chambre Philharmonique, Ensemble Baroque de Limoges, mit Ch. Coin, G. Leonhardt, E. Krivin, A. Beyer). Er hat bei zahlreichen Aufnahmen mitgewirkt, die mehrfach mit renommierten Preisen ausgezeichnet wurden (Diapason d'or de l'année, 5 étoiles de Classica, etc.)
Per September 2023 wurde er in der Nachfolge von Christophe Coin zum Professor für Violoncello in alter Mensur an der SCB gewählt und wird seine Leidenschaft für das Instrument, für die Kammermusik und die historische Aufführungspraxis an neue Generationen von Musikern*innen weitergeben.