Tobias Lindner wurde 1975 in Deggendorf (Bayern) geboren. Ersten Orgelunterricht erhielt er von Wolfgang Riegraf und Roland Götz.
Im Rahmen seiner Ausbildung an der Fachakademie für katholische Kirchenmusik in Regensburg studierte er Orgel bei Karl Friedrich Wagner, anschliessend an der Staatlichen Hochschule für Musik in Freiburg/Breisgau bei Klemens Schnorr. Nach dem A-Examen in Freiburg setzte er seine Ausbildung an der Schola Cantorum Basiliensis fort und schloss das "Diplom für Alte Musik“ mit Auszeichnung ab. Er studierte Orgel und Cembalo bei Andrea Marcon und Generalbass bei Gottfried Bach.
Tobias Lindner besuchte fast 40 Kurse bei namhaften Vertretern der Orgelwelt, um möglichst viele Facetten des Instruments und seiner Musik kennen zu lernen. Er ist Preisträger verschiedener internationaler Orgelwettbewerbe (Innsbruck, Brügge, Nürnberg, Landau).
In den Jahren 2001 bis 2005 war er als Cembalist und Organist regelmässig beim Venice Baroque Orchestra unter der Leitung von Andrea Marcon verpflichtet.
Lindner ist seit 2002 hauptberuflicher Kirchenmusiker in Basel und hat an der Schola Cantorum Basiliensis einen Lehrauftrag für Generalbass und Cembalo. Von 2004 bis 2016 war er Lehrbeauftragter für Orgel und Improvisation an der Hochschule für Musik, Theater und Medien in Hannover.
Seit März 2016 ist er Professor für Orgel an der Schola Cantorum Basiliensis.