Johannes Menke, geb. 1972 in Nürnberg, studierte zunächst Oboe, dann Schulmusik und Germanistik in Freiburg im Breisgau. Danach absolvierte er ein Diplomstudium Musiktheorie bei Eckehard Kiem sowie ein Aufbaustudium Komposition bei Mathias Spahlinger. 2004 wurde er mit einer Arbeit über Giacinto Scelsi an der TU Berlin promoviert.
1999-2009 lehrte er Musiktheorie und Gehörbildung an der Musikhochschule Freiburg im Breisgau und betätigte sich daneben auch als Rundfunkautor, Organist und Chorleiter. Seit 2007 ist er als Professor für Historische Satzlehre an der Schola Cantorum Basiliensis tätig.
2008 bis 2012 war er Präsident der Gesellschaft für Musiktheorie (GMTH). Er ist Mitherausgeber der Buchreihe sinefonia (Wolke-Verlag) und der Zeitschrift Musik & Ästhetik (Klett-Cotta). Seine zahlreichen Publikationen beschäftigen sich vorwiegend mit Fragen der Musiktheorie und Analyse, insbesondere in Hinblick auf Geschichte und Didaktik. Sein Schwerpunkt liegt dabei auf der Musik des 16. und 17. Jahrhunderts. Dazu liegen die Buchpublikationen Kontrapunkt I: Die Musik der Renaissance (Laaber 2015) und Kontrapunkt II: Die Musik des Barock (Laaber 2017) vor.
Seine Tätigkeit an der Schola Cantorum Basiliensis umfasst den Pflichtfachunterricht (Bachelor und Master) im Bereich Renaissance bis Romantik (Praktika, Klassenstunden und Seminare), das Hauptfach Theorie der Alten Musik, das Fach Geschichte der Musiktheorie sowie die Betreuung von Promotionsprojekten. Daneben gibt er immer wieder Gastkurse (Trossingen, Ghent, Graz, Freiburg, Karlsruhe, Hannover). Er ist außerdem Mitbegründer der Projektreihe Klangwelt Renaissance und des Basler Forums für Musikästhetik (gemeinsam mit dem Musikwissenschaftlichen und dem Philosophischen Seminar der Universität Basel).